相良宗介终于适应了校园生活，但“耳语者”的秘密被全面公开后，他成了全世界情报机构最想活捉的目标。
时间线紧接第二季结尾。相良宗介和千鸟要在短暂和平后，遭遇了前所未有的危机——“耳语者”存在的事实被某个神秘组织向全球黑市公开。一时间，各国间谍、恐怖组织甚至私人军事公司全都涌向东京，目标直指千鸟要。秘银组织内部出现叛徒，宗介的AS被摧毁，他被迫带着千鸟转入地下。同时，泰莎舰长为了保住整个舰队选择叛离秘银，与宗介组成独立的抵抗小队。本季将揭秘“黑科技”的真实起源，并引入新敌人——同样是耳语者的苏联前特工伊万。校园日常与高机动战斗交替上演，最终决战将在东京塔上空展开。
老粉狂喜！节奏把控堪称完美，搞笑日常与严肃主线切换丝滑。机战场面经费燃烧，打斗作画回到巅峰期。泰莎和千鸟要的情感线都有重大推进，毫不拖泥带水。
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